日本体育大学から山下諒也が加入し、ユースからは馬場晴也、松橋優安、石浦大雅、藤田譲瑠チマ、阿野真拓が昇格した(馬場と石浦と藤田は前年度から2種登録しており、石浦と藤田は試合に出ている)。日本体育大学から長谷川洸が加入し、ユースからは藤本寛也が昇格した。 また、期限付き移籍していた北脇健慈、楠美圭史が復帰し、アラン・ また相模原に期限付き移籍していた高原直泰と前年8月から岐阜に期限付き移籍していた森勇介が共に相模原に完全移籍し、前田直輝が松本に、楠美圭史がJFL・

6月からは調子を取り戻し、夏に加入した泉澤や香川の活躍もあり、J2上位争いに加わる。 15年間務めてきた山本佳津強化部長が退任し、GMだった竹本一彦が女子部門のGMに就任した。 7月に北脇健慈がFC鈴鹿ランポーレに、キローラン木鈴が秋田に、安田晃大が愛媛にそれぞれ期限付き移籍し、清水から高木善朗が期限付き移籍で4年半ぶりに復帰した。 アソシエーション (FA) の設立と同時に、初めて文書化された。 7月10日に高井和馬が山口に、8月21日に畠中槙之輔が横浜F・高木大輔が山口、太田岳志が富山、渋谷亮が北海道十勝スカイアースへ期限付き移籍し、中野雅臣はFC今治への期限付き移籍期間が延長された。

マリノスに完全移籍し、澤井直人がヴェルディと提携したフランスのACアジャクシオに期限付き移籍した。 V大分にそれぞれ期限付き移籍した。 また8月15日に富山から新井瑞希、CRフラメンゴからクレビーニョを期限付き移籍で、8月25日にトルコのゲンチレルビルリイSKからジャイルトン パライバを完全移籍で獲得した。 ピニェイロを期限付き移籍で獲得した。新戦力として浦和から永田充、長崎から梶川諒太、町田から内藤圭佑、C大阪から昨年長野に在籍していた橋本英郎を完全移籍で、C大阪から武田博行、G大阪から内田達也を期限付き移籍で獲得し、高木善朗が完全移籍に移行。 マリノスへ完全移籍、林陵平が町田へ期限付き移籍し、ネマニャ・内田達也と武田博行が完全移籍に移行し、千葉に期限付き移籍していた菅嶋弘希が復帰。 また林陵平と中野雅臣が期限付き移籍から復帰したが、林は3月に群馬へ、中野は8月に盛岡へそれぞれ期限付き移籍した。

ブリオベッカ浦安、舘野俊祐が中国1部・前述の永井秀樹の他に船山祐二が引退。第31節終了後、J3降格圏寸前の20位に低迷していたため監督の三浦を解任。監督交代直後は連勝するなど好調だったが、上位陣には殆ど勝てず低迷。 2012年以来となる開幕戦勝利をしたものの、その後は第5節から第13節まで9試合勝利なし（5分4敗）、アウェイ戦は僅か2勝、1度も連勝できない等と成績は低迷。当時は急ごしらえのチーム同士で試合を行っており、一部のチームには外国人の選手が混じっていたという。 サッカー日本代表人気もあって、スポンサーからの巨額の資金を受けており、2006年度予算時点で、公益財団法人日本オリンピック委員会（JOC）の2倍以上の157億円に達した。目標を「勝点60以上で9位以内」と掲げ、シーズン前半は8勝7分6敗の8位で折り返した。

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